Dans chaque institut, le directeur est assisté d'un conseil de discipline. Il est constitué au début de chaque année scolaire, lors de la première réunion du conseil technique. Le conseil de discipline est présidé par le directeur départemental des affaires sanitaires et sociales ou son représentant. Il comprend :
1° Le représentant de l'organisme gestionnaire siégeant au conseil technique ou son suppléant ;
2° L'infirmier, enseignant permanent siégeant au conseil technique ou son suppléant ;
3° L'aide-soignant d'un établissement accueillant des élèves en stage siégeant au conseil technique ou son suppléant ;
4° Un représentant des élèves tiré au sort parmi les deux élus au conseil technique ou son suppléant.