Le chef du service historique de la défense est nommé par le ministre de la défense, après avis du secrétaire général pour l'administration.
Il dispose d'un adjoint, responsable du centre historique des archives, qui le remplace en cas d'absence ou d'empêchement.
Le chef du service historique bénéficie, selon des dispositions fixées par arrêté, d'une délégation de compétence du ministre de la défense pour l'administration et la gestion du personnel placé sous son autorité.