Les neuf sections du CTHS sont :
1. La section de préhistoire et de protohistoire ;
2. La section d'histoire et d'archéologie des civilisations antiques ;
3. La section d'histoire et de philologie des civilisations médiévales ;
4. La section d'archéologie et d'histoire de l'art des civilisations médiévales et modernes ;
5. La section d'histoire du monde moderne, de la Révolution française et des révolutions ;
6. La section d'histoire contemporaine et du temps présent ;
7. La section d'anthropologie sociale, d'ethnologie et des langues régionales ;
8. La section des sciences, d'histoire des sciences et des techniques et de l'archéologie industrielle ;
9. La section des sciences géographiques et de l'environnement.