Pour l'exercice de ses attributions, le secrétaire d'Etat à l'agriculture, à l'alimentation, à la pêche et à la ruralité dispose de la direction générale de la forêt et des affaires rurales et de la direction générale de l'enseignement et de la recherche.
En tant que de besoin, il dispose des autres services du ministère de l'agriculture, de l'alimentation, de la pêche et de la ruralité.
Pour l'exercice de ses attributions en matière de ruralité, il peut faire appel à la délégation à l'aménagement du territoire et à l'action régionale.