Pour l'exercice de ses attributions, le secrétaire d'Etat aux programmes immobiliers de la justice dispose, en tant que de besoin, de la direction des services judiciaires, de la direction de l'administration pénitentiaire, de la direction de la protection judiciaire de la jeunesse et de la direction de l'administration générale et de l'équipement.
Il assure le suivi de l'exécution des conventions conclues par le ministère de la justice avec l'Agence de maîtrise d'ouvrage des travaux du ministère de la justice.