A compter du 1er janvier 2006, les crédits ouverts par la loi de finances qui doivent être exécutés par les services déconcentrés des administrations civiles de l'Etat sont mis à disposition du préfet, lorsqu'il n'a pas désigné d'ordonnateur secondaire délégué. La délégation de signature d'ordonnancement secondaire entraîne la mise à disposition directe des crédits aux ordonnateurs secondaires délégués.
Le trésorier-payeur général fournit au préfet les informations nécessaires au suivi de la gestion des crédits des services déconcentrés des administrations civiles de l'Etat. Il fait un compte rendu sur l'utilisation des crédits de l'Etat, chaque année, au comité de l'administration régionale ou au collège des chefs de service.