La direction centrale du service de santé des armées comprend :
- une sous-direction « affaires juridiques et administratives » ;
- une sous-direction « hôpitaux » ;
- une sous-direction « ressources humaines » ;
- une sous-direction « action scientifique et technique » ;
- une sous-direction « organisation, soutien et projection » ;
- une sous-direction « budget et finances ».