Les recettes et les dépenses du service gestionnaire du trafic et des circulations sont identifiées, en nomenclature, au sein de la comptabilité de la SNCF et font l'objet d'un suivi spécifique à chaque exercice budgétaire et comptable de la SNCF.
Le service gestionnaire du trafic et des circulations tient une comptabilité analytique permettant d'établir de façon précise les coûts relevant de son périmètre et inhérents aux diverses missions qui lui sont confiées. Les modalités de cette comptabilité analytique sont arrêtées en accord avec RFF.