Le conseil scientifique est composé de douze à vingt personnalités désignées par les ministres chargés de l'éducation, de l'enseignement supérieur et de la recherche, en raison de leur compétence.
Il est présidé par le président du conseil d'administration. Le directeur de l'institut assiste à ses réunions.
Le conseil scientifique est consulté par le conseil d'administration sur les grandes orientations de l'établissement, notamment en matière pédagogique, sur la programmation à trois ans et sur le choix des personnes intervenant dans les sessions.
Il évalue la formation et les intervenants, en lien avec les auditeurs.
Il apporte son expertise sur les rapports de la science et de la société et sur le développement d'une culture scientifique, technique et de l'innovation.