Les certificats et les rapports établis par la commission de certification sont transmis avant le 31 janvier suivant la clôture des comptes de l'exercice financier du FEOGA-Garantie au secrétariat interministériel pour les questions de coopération européenne (SGCI), qui les adresse à la Commission européenne et les communique pour information au ministre chargé du budget et au ministre chargé de l'agriculture.