L'ordre du jour de chaque réunion est arrêté par le président en fonction des propositions faites par les deux collèges 30 jours au moins avant la date de la réunion.

Le vote a lieu par collège. Les décisions ne sont adoptées que si, respectivement dans chacun des deux collèges, elles ont recueilli la majorité des voix des membres présents ou représentés. S'il y a un désaccord entre les deux collèges, le président reporte la proposition à l'ordre du jour de la plus prochaine réunion, où la décision est prise par vote individuel des membres de la commission.

Tout membre empêché de participer à une réunion de la commission peut se faire représenter, soit par un membre appartenant au même collège auquel il donne pouvoir à cet effet, le nombre de pouvoirs étant limité à trois par membre présent soit, le cas échéant, par un membre suppléant désigné par l'organisation syndicale de salariés ou d'employeurs à laquelle il appartient.