L'AGFPC est gérée par un conseil d'administration composé, en nombre égal, d'un représentant par organisation syndicale de salariés représentative et d'autant de représentants de la CNCT. Ses membres doivent obligatoirement être membres de la commission paritaire permanente de négociation et d'interprétation de la charcuterie de détail.

Le conseil d'administration désigne parmi ses membres, pour une durée de deux ans, un président choisi alternativement dans le collège des employeurs ou dans celui des salariés, un vice-président, un trésorier, un secrétaire.

Le président et le secrétaire appartiennent à un collège, le vice-président et le trésorier appartiennent à l'autre collège. Ces mandats sont alternatifs.