Il existe deux modes de calcul de l'indemnité de congés payés et c'est le plus avantageux pour le salarié qui doit être retenu. Conformément aux dispositions de l'article L. 3141-24 du code du travail, l'indemnité est calculée sur la base soit :
– du dixième de la rémunération brute totale perçue par le salarié au cours de la période de référence (entre le 1er juin de l'année précédente et le 31 mai de l'année en cours ;
– de la rémunération qui aurait été perçue pendant le congé si le salarié avait travaillé pendant cette période (règle dite du « maintien de salaire »).

Le salarié sous contrat à durée indéterminée peut demander à ce que la moitié de l'indemnité de congé payé, qui lui est due, soit versée à titre d'acompte au moment de son départ en congé.

Le salarié sous contrat à durée déterminée perçoit, s'il n'a pu bénéficier de la totalité de ses congés pendant l'exécution de son contrat, une indemnité compensatrice de congés payés lorsqu'il quitte l'entreprise.