Lorsqu'un salarié n'a pas accompli la totalité de la période du dispositif d'aménagement du temps de travail sur l'année du fait de son embauche ou de la rupture de son contrat de travail en cours de période, sa rémunération est régularisée sur la base de son temps réel de travail.

S'il apparaît que le salarié a effectué un nombre d'heures supérieur à l'horaire moyen ayant servi au calcul de sa rémunération lissée, les heures effectuées en sus sont rémunérées et payées avec le salaire du mois suivant (ou de la dernière paie en cas de rupture du contrat de travail), en tenant compte des majorations pour heures supplémentaires éventuelles.

S'il apparaît que le salarié a effectué un nombre d'heures inférieur à l'horaire moyen ayant servi au calcul de sa rémunération lissée, le trop-perçu par le salarié sera déduit du salaire du ou des mois suivants (ou de la dernière paie en cas de rupture du contrat de travail). Toutefois, le salarié conservera le supplément de rémunération éventuellement constaté par rapport à son salaire lissé, en cas de rupture du contrat de travail pour raison économique ou pour inaptitude physique ou en cas de départ à la retraite ou de mise à la retraite.