Si le contrat de travail est rompu avant l'utilisation complète du compte, le salarié perçoit une indemnité correspondant aux droits acquis figurant sur le compte, déduction faite des charges sociales dues par le salarié.

Les charges sociales salariales et patronales exigibles sur cette indemnité sont acquittées par l'employeur lors de son règlement.

Sauf exonération de charges fiscales dans les cas et les conditions prévus par la loi, cette indemnité est soumise au même régime fiscal que les salaires.

Toutefois, en cas de rupture du contrat de travail, la valeur du compte du salarié peut être transférée de l'ancien au nouvel employeur sous réserve que ce dernier ait également mis en place un régime de compte épargne-temps. Ce transfert nécessite l'accord écrit entre l'ancien employeur, le nouvel employeur et le salarié. Après le transfert, la gestion du compte s'effectue conformément aux règles prévues par l'accord collectif applicable chez le nouvel employeur.

Si un tel transfert n'est pas possible, le salarié peut convenir avec son ancien employeur que les droits épargnés inscrits à son compte épargne-temps sont consignés auprès de la caisse des dépôts et consignations dans les conditions prévues aux articles D. 3154-5 et D. 3154-6 du code du travail.