Chaque commission choisit, en son sein, un président et un vice-président, appartenant chacun à un collège différent. La présidence alterne tous les 2 ans, au cours du trimestre pendant lequel s'effectue le changement d'alternance de la présidence du conseil d'administration de l'opérateur de compétences.

Les propositions émises par les commissions sont retenues à la majorité simple des membres ­présents ou représentés.