Chaque commission, dans le respect des accords de branche et des décisions des CPNE des différentes branches représentées en lien avec les sections paritaires professionnelles (SPP), et en fonction de ses prérogatives spécifiques, exerce les missions suivantes :
– CPT « entreprises de moins de 50 salariés » : est en charge des dispositifs d'accompagnement des entreprises de moins de 50 salariés au plus près du terrain et de leurs besoins en recrutement, veille à la mutualisation des moyens, assure le suivi des enveloppes confiées par France compétences ou conventionnelles ;
– CPT « alternance » : est en charge de l'élaboration de coûts cohérents par contrat, après examen des propositions des CPNE dans le respect des politiques définies et des préconisations des SPP, développe des dispositifs incitatifs au développement des contrats d'apprentissage et de professionnalisation ;
– CPT « proximité et communication de l'opérateur de compétences » : est en charge du design relatif à l'offre de services, de l'appui aux éléments de langage ou verbatim proposés par l'opérateur de compétences dans le cadre des communications externes, et oriente l'offre de services à destination des entreprises et branches ;
– CPT « publics spécifiques » : est en charge des dispositifs d'insertion spécifiques mis en œuvre dans les branches (notamment au bénéfice des demandeurs d'emploi, des personnes en situation de handicap, des réfugiés politiques) veille à la mutualisation des moyens, assure le suivi des enveloppes confiées par France compétences ou conventionnelles ou d'autres organismes ;
– CPT « contrôle financier et conformité » : examine dans le respect des accords de branche, des préconisations des CPNE, les priorités et règles de prise en charge des formations, ainsi que le financement des travaux et études réalisés par les observatoires de chaque SPP, et des travaux relatifs aux certifications ; procède à l'analyse régulière de l'utilisation des fonds afin de garantir une gestion des fonds d'origine légale et conventionnelle, respectueuse des équilibres des branches adhérentes de l'opérateur de compétences et s'assure du contrôle de la qualité des formations ;
– CPT « certification » : accompagne les représentants au sein des commissions professionnelles consultatives (CPC) des ministères (commissions professionnelles consultatives), et accompagne dans le développement et/ou suivi des outils de certification (CQP, plate-forme, MOOC, etc.) ;
– CPT « prospective et transformation des métiers » : élabore des études ou des travaux en complémentarité de ceux menés par les observatoires ; met en œuvre les politiques de branche en matière de professionnalisation et de transformation des métiers, en favorisant une approche transversale aux différentes branches ; mutualise les projets envisagés dans l'interbranches étudie notamment les impacts des évolutions réglementaires et/ou de la transformation numérique.

Les commissions peuvent également être saisies par le conseil d'administration de toute demande d'examen et de préconisation relative à un sujet relevant de leur champ de compétences.