Les commissions paritaires transversales (CPT) sont créées par le conseil d'administration qui en fixe le nombre, la composition et les modalités de fonctionnement dans le règlement intérieur.

À ce jour, il est créé au sein de l'opérateur de compétences, 7 commissions paritaires transversales (CPT), dont le champ de compétence est défini en fonction des spécificités des publics bénéficiaires des services de l'opérateur de compétences, des missions qui lui sont dévolues, et de l'offre de service de celui-ci.

Les commissions paritaires transversales (CPT) sont les suivantes :
– CPT « entreprises de moins de 50 salariés » ;
– CPT « alternance » ;
– CPT « proximité et communication de l'opérateur de compétences » ;
– CPT « publics spécifiques » ;
– CPT « contrôle financier et conformité » ;
– CPT « certification » ;
– CPT « prospective et transformation des métiers ».