La gouvernance et le financement de l'alternance sont confiés aux partenaires sociaux à travers leurs branches professionnelles et au niveau interprofessionnel, au COPANEF (voir titres IV et V).

Le nouveau dispositif a vocation à être plus souple, plus lisible, plus réactif par rapport aux demandes et besoins des entreprises, à l'instar des modalités de financement actuelles des contrats de professionnalisation. Il participe à l'amélioration qualitative du fonctionnement de l'alternance, au suivi de l'évolution des deux types de contrats et à leur développement.

Au système actuel, se substitue un système reposant sur le paiement au contrat.

Le centre de formation d'apprenti est payé au contrat engagé, sur la base d'un coût de formation par contrat, connu des parties. Il s'engage à respecter le système d'assurance qualité, à en intégrer les processus et à en restituer les résultats.