La CPPNI de la branche de la répartition pharmaceutique a pour mission de négocier les accords et textes conventionnels de la branche, notamment ceux relevant des négociations obligatoires.

En application de l'article L. 2232-9 du code du travail, la CPPNI est réunie au moins trois fois par an en vue des négociations mentionnées au chapitre Ier du titre IV du livre II de la 2e partie du code du travail. Elle définit son calendrier de négociations dans les conditions prévues à l'article L. 2222-3 du code du travail.

Lorsqu'elle se réunit dans le cadre de sa mission de négociation, la CPPNI peut, par une décision paritaire, prendre une forme plénière ou restreinte selon les thèmes et les travaux à mener. La commission durant laquelle les accords et textes conventionnels de branche sont présentés en dernière lecture, avant ouverture à signature, prend la forme d'une réunion plénière.

La CPPNI est également amenée à remplir la mission des commissions de suivi prévues conventionnellement par certains accords de branche.