Les modalités d'envoi de dossiers « frais de santé » à l'organisme assureur et leur règlement par celui-ci sont définies dans la convention de gestion administrative.
Le régime de complémentaire santé est administré par la commission nationale paritaire, qui assure le suivi du régime de base, des options et pourra se faire assister d'un expert de son choix.
Les organismes recommandés communiquent obligatoirement chaque année les documents, rapports financiers et analyses commentées nécessaires aux travaux de la commission au plus tard le 1er juin suivant la clôture de l'exercice.