La CPREFP est présidée par le représentant du collège salariés ou par la fédération patronale présidant la CPNEFP. La même règle s'applique à la vice-présidence.
La CPREFP se réunit dans le cadre de trois réunions plénières et d'une réunion supplémentaire de cadrage la première année.
L'ordre du jour des réunions est arrêté paritairement.
Les décisions sont adoptées à la majorité issue de chaque collège.
Mandatés par leurs organisations, les participants à la CPREFP relèvent des dispositions de l'article 3 de la convention collective nationale relatif au droit syndical et à la liberté d'opinion.
Les frais de transport et d'hébergement sont pris en charge par chaque organisation dans le cadre du financement du paritarisme.

Le FAFIEC assure, dans les limites fixées par son conseil d'administration, le secrétariat, l'organisation matérielle et l'appui opérationnel de la CPREFP, notamment la coordination, en fonction des partenariats, des comités de pilotage ou des groupes de travail paritaires ad hoc.  (1)
Un compte rendu reprenant notamment les avis et décisions de la commission est rédigé par le secrétariat sous forme de projet et adressé à l'ensemble des participants à la réunion.
Les comptes rendus sont soumis aux membres de la CPREFP sous une semaine pour validation.
Le compte rendu est définitivement adopté, après observations éventuelles, sous 10 jours.
Chaque compte rendu est transmis à la présidence de la CPNEFP dans le mois qui suit la réunion de la CPREFP.
Les partenaires sociaux rappellent que lorsque les salariés sont appelés à participer aux réunions paritaires décidées entre les employeurs et les organisations syndicales représentatives au niveau national, des autorisations d'absence sont accordées, les heures correspondantes étant rémunérées et non décomptées des congés payés, dans la limite d'un nombre de salariés fixé d'un commun accord par les employeurs et les organisations syndicales représentatives au niveau national.
Conformément à l'avis d'interprétation du 8 janvier 2010, sont considérées comme « réunions paritaires » les réunions des instances paritaires de la branche que sont notamment la CPCCN, la CNI, la CPNE et la CPNE PSE, le FAFIEC, l'OPIIEC, l'OPNC, l'ADESATT, la commission de suivi du régime Malakoff Médéric ainsi que les réunions décidées par ces instances, que ce soient des commissions ou comités appartenant à ces instances, comme par exemple celles du FAFIEC, des groupes de travail ad hoc pour préparer les négociations ou toutes autres initiatives paritaires comme les ADEC ou les pôles de mobilité régionale.

(1) Le 7e alinéa de l'article 3 est étendu sous réserve des missions d'un OPCA telles qu'elles résultent de l'article L. 6332-1-1 du code du travail.

 
(Arrêté du 20 novembre 2015 - art. 1)