L'ANFA est administrée par un conseil de gestion composé de 32 membres dûment mandatés à cet effet par les organisations d'employeurs et les organisations représentatives des salariés et participant au conseil national paritaire institué par les statuts de l'ANFA en vigueur à la date de signature dudit accord.

Le conseil de gestion est réparti en deux collèges, de la façon suivante :

Collège patronal :

CNPA 8 sièges.

Collège salarial :

CFE-CGC 4 sièges.

Collège patronal :

CSNESA 2 sièges.

Collège salarial :

CFTC 3 sièges.

Collège patronal :

FFC 2 sièges.

Collège salarial :

CSNVA 1 siège.

Collège patronal :

FNCAA 2 sièges.

Collège salarial :

FGMM-GFDT 4 sièges.

Collège patronal :

FNCRM 2 sièges.

Collège salarial :

FO 4 sièges.

En outre, à titre consultatif, un représentant du comité des constructeurs français d'automobiles et un représentant de la chambre syndicale des importateurs sont invités à participer aux travaux du conseil de gestion.

Au titre de la cotisation professionnelle à caractère parafiscal, les représentants des ministères de tutelle assistent, de droit, aux réunions du conseil de gestion.