Les membres de la commission élisent en leur sein un président et un vice-président, pour un mandat de 4 ans. Issus des deux collèges, employeurs et salariés, ils alternent à mi-mandat dans le rôle de président et de vice-président.
Le président est en charge de la conduite des débats ; il est destinataire des saisines de la commission conformément à l'article 4 du présent accord ; il établit l'ordre du jour des réunions, convoque la commission et valide les relevés de décisions.
Le vice-président remplace le président en cas d'absence ou d'impossibilité de ce dernier d'accomplir son rôle.
Le quorum est atteint dès lors que la moitié au moins des membres, dont au moins deux membres de chaque collège, est présente.
Le consensus est recherché mais en cas de vote les décisions sont prises à la majorité qualifiée des membres présents. Sur la base de la composition de la commission à la date d'entrée en vigueur du présent accord, cette majorité doit comporter au moins deux organisations de salariés représentatives et représenter plus de la moitié des suffrages exprimés.