Le CPNVM comprend deux membres désignés par les organisations syndicales de salariés représentatives au niveau de la branche et un nombre égal de représentants du collège employeur. Ces représentants constituent respectivement le collège « salarié » et le collège « employeur ». Le comité se réunit au moins six fois par an.
Le CPNVM fait appel, en cas de besoin et à titre consultatif, aux personnalités du corps médical, à celles du monde de l'éducation et à tout expert dont la compétence lui est nécessaire.
Le fonctionnement du CPNVM et notamment les règles concernant les prises de décision sont fixés par un règlement intérieur.
La présidence et la vice-présidence du CPNVM sont assurées, alternativement chaque année, par l'un et l'autre des collèges. Le secrétariat est assuré par le LEEM. Le travail administratif de logistique et de préparation des réunions est assuré par l'AGVM.