Le CPNVM veille au respect de la réglementation applicable aux organismes de formation et à la qualité des enseignements. Il prend également en compte, parmi ses critères d'appréciation, les prévisions d'emploi de la profession, en lien avec l'observatoire paritaire des métiers des entreprises du médicament.
Un référentiel de qualité défini par le CPNVM décrit les critères exigés des organismes de formation. Les partenaires sociaux requièrent la réalisation d'un audit par un organisme certificateur accrédité préalablement à toute procédure d'habilitation, à la charge de l'organisme. Les résultats de l'audit sont pris en compte pour décider ou non de l'habilitation de l'organisme. Concernant les formations dispensées par les universités, le CPNVM reconnaît le dispositif d'évaluation réalisé par l'AERES (agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur), qui intègre des exigences et des critères d'évaluation similaires à ceux définis par la profession.
Le CPNVM peut, à tout moment, faire procéder à un audit de l'organisme de formation pour contrôler la conformité du dispositif mis en œuvre et au respect des conditions de la convention d'habilitation. Il fonde sa décision d'habiliter les organismes de formation sur les critères suivants, notamment :

– la conformité au présent accord et le respect du cahier des charges de l'habilitation ;
– la qualité de l'enseignement et la qualification des enseignants ;
– la conformité aux contrôles qualité exigibles par la profession ;
– la qualité de recrutement des candidats.
La procédure d'habilitation est définie par le CPNVM qui établit un cahier des charges et le porte à la connaissance des organismes de formation. Cette procédure doit être préalable à l'entrée en formation de stagiaires en visite médicale. Le CPNVM peut être amené à refuser d'instruire une demande lorsqu'elle ne répond pas à un besoin de l'emploi. Ce refus doit être exprès et motivé.