Le rôle de la commission est de contrôler que les accords collectifs dérogatoires conclus en application des articles L. 2232-21 et suivants du code du travail qui lui sont soumis n'enfreignent pas les dispositions législatives, réglementaires ou conventionnelles en vigueur, en vue de leur validation.
En revanche, conformément aux dispositions de l'article L. 2232-22 du code du travail, la commission ne peut porter son contrôle sur l'opportunité de l'accord qui lui est présenté.