L'ordre du jour des réunions de la CPNEFP est arrêté conjointement par le président et le vice-président. Quand des documents de séance sont prévus, ils sont adressés dans la mesure du possible avant la réunion.
La commission se réunit au moins une fois par an. En cas de besoin, des réunions peuvent être organisées sur demande de la majorité des membres de l'un ou l'autre de ses collèges ou sur demande de la commission nationale paritaire.
La tenue d'une réunion repose sur un quorum de 3/5 des représentants de chaque collège. Ce quorum est apprécié 2 semaines avant la date de la réunion sur la base des réponses à la convocation. Si à cette date le quorum n'est pas atteint, la réunion est reportée.
Lors de la réunion, des avis peuvent être adoptés par les membres de la commission quel que soit le quorum. Les avis sont adoptés par collège à la majorité de ses représentants présents.