Le niveau de qualification des métiers du secteur étant élevé, une bonne formation initiale joue un rôle essentiel pour favoriser l'intégration des personnes handicapées dans les entreprises du médicament.
La mission handicap de branche développe des contacts et des projets spécifiques avec le secteur éducatif et les organismes de formation initiale afin de sensibiliser, avec les entreprises, les élèves handicapés aux métiers de la branche.
La mission handicap de branche étudie également avec les établissements d'enseignement qui le souhaitent la possibilité de mettre en place un partenariat permettant d'accompagner des jeunes handicapés dans des formations qualifiantes.
Les entreprises peuvent accompagner sous forme de parrainage un jeune en formation initiale sur plusieurs années. Cet accompagnement implique des périodes de stage en milieu ordinaire. Dans ce cadre, l'entreprise étudie les aménagements nécessaires avec le jeune et l'établissement permettant à celui-ci de suivre les enseignements théoriques et pratiques. Le médecin de l'établissement de formation est associé à ce processus.
L'accueil des stagiaires scolaires et universitaires dans le cadre de leur formation initiale et professionnelle continue est un axe de travail important pour faciliter l'accès de ces personnes à l'entreprise. Le correspondant handicap de l'entreprise veille à mettre en place des dispositifs d'accueil spécialisé.