Pendant la période de la modulation fixée par l'employeur, les heures effectuées dans la limite maximale de 48 heures ne sont pas considérées comme des heures supplémentaires. Elles ne donnent donc lieu ni à majoration de salaire ni à repos compensateur, et ne s'imputent pas sur le contingent annuel d'heures supplémentaires.
A la fin de la période de modulation fixée par l'employeur, les heures effectuées au-delà de 35 heures hebdomadaires en moyenne sur la période de modulation ouvrent droit à une majoration de salaire et/ou à repos compensateur, au choix des salariés concernés, calculés selon les dispositions légales et réglementaires en vigueur. Elles s'imputent sur le contingent annuel d'heures supplémentaires sauf pour les entreprises ou établissements qui remplacent la majoration des heures supplémentaires par un repos compensateur de remplacement.