L'institution est administrée par un conseil d'administration composé de 30 membres titulaires :

-15 membres représentant les entreprises adhérentes désignés par les organisations professionnelles d'employeurs ;

-15 membres représentant les participants désignés par les organisations syndicales représentatives.

Chaque collège comprenant obligatoirement au moins un représentant des chemins de fer secondaires d'intérêt général, des chemins de fer d'intérêt local et des tramways et un représentant des transports publics sur route de voyageurs.

Les sièges du collège des participants sont répartis de la manière suivante :

-CFE-CGC : 1 siège ;

-CFDT : 4 sièges ;

-CFTC : 1 siège ;

-CGT : 4 sièges ;

-CGT-FO : 4 sièges ;

-FNCR : 1 siège.

Les administrateurs titulaires sont assistés de 12 membres suppléants :

-6 membres au titre du collège des adhérents désignés par les organisations professionnelles d'employeurs ;

-6 membres au titre du collège des participants à raison d'un membre désigné par chaque organisation syndicale représentative.

Le nombre d'administrateurs ayant dépassé l'âge de 70 ans au moment de l'entrée en fonctions ne peut être supérieur, dans chacun des deux collèges, au tiers des administrateurs en exercice.

Le mandat des membres du conseil, titulaires et suppléants, est fixé à 6 ans. Il est renouvelable.

Les administrateurs doivent être majeurs et ne pas avoir fait l'objet de condamnations prévues à l'article L. 931-9 du code de la sécurité sociale.

Les fonctions d'administrateur prennent fin à l'issue de la réunion de la commission paritaire ayant statué sur les comptes de l'exercice écoulé.

Une personne ayant exercé depuis moins de 3 ans une activité salariée à la CARCEPT-Prévoyance ou dans tout autre organisme auquel la CARCEPT-Prévoyance est ou a été liée par un accord de gestion ne peut être administrateur.

Une même personne ne peut appartenir simultanément à plus de 4 conseils d'administration d'institutions de prévoyance ou d'unions d'institutions de prévoyance. Toute personne qui, lorsqu'elle accède à un nouveau mandat, se trouve en infraction doit, dans les 3 mois de sa nomination, se démettre de l'un de ses mandats.

En cas de décès, démission, perte de la qualité de membre participant ou de représentant d'un membre d'adhérent, de retrait du mandat par l'organisation intéressée d'un administrateur, il sera procédé dans les meilleurs délais à son remplacement par une nouvelle désignation d'un membre du même collège pour la durée du mandat restant à courir.

Les fonctions d'administrateur, titulaire ou suppléant, sont gratuites. Les administrateurs peuvent, sur justification, se faire rembourser par l'institution les frais de déplacement ou de séjour ainsi que des pertes de salaires subies à l'occasion de l'exercice de leurs fonctions.

Les membres du conseil d'administration ainsi que toute personne appelée à assister aux réunions du conseil sont tenus à la discrétion à l'égard des informations présentant un caractère confidentiel et données comme telles par le président ou le vice-président ou le directeur général.