L'employeur doit, pour chaque salarié concerné par la modulation de la durée du travail, tenir un compte individuel de compensation sur lequel l'employeur enregistre :

- l'horaire programmé pour la semaine ;

- le nombre d'heures de travail réellement effectuées par les salariés au cours de la semaine ;

- le nombre d'heures correspondant à des absences indemnisées ou non indemnisées programmées ou non programmées.

L'état du compte individuel de compensation est retranscrit tous les mois sur le bulletin de paie ou un document annexé au bulletin de paie.

En fin de période de modulation, ou à la date de la rupture du contrat de travail intervenue en cours de période de modulation, l'employeur clôt le compte individuel de compensation et remet à chaque salarié concerné un document récapitulant l'ensemble de ses droits.

S'il apparaît en fin de période de modulation ou à la date de la rupture du contrat de travail que le nombre d'heures de " modulation " effectuées est supérieur au nombre d'heures de " compensation " prises, il s'agit d'heures hors modulation qui seront rémunérées conformément aux dispositions de la convention collective.

S'il apparaît, au contraire, que le nombre d'heures de " compensation " prises est supérieur au nombre d'heures de " modulation " effectuées, la rémunération versée au salarié lui reste acquise sauf dans deux cas :

- les heures perdues correspondent à des heures perdues au titre du chômage partiel, auquel cas elles doivent être indemnisées comme telles ;

- l'excès d'heures de " compensation " prises est constaté à l'occasion de la rupture du contrat de travail en cours de période de modulation pour un motif autre que le licenciement pour motif économique, auquel cas le salarié devra restituer la rémunération perçue au titre de ces heures. Le montant à restituer est déduit de la dernière paie.