En raison de son autonomie dans son organisation et son emploi du temps et l'impossibilité de prédéterminer la durée du travail, la rémunération du cadre autonome constitue une contrepartie forfaitaire incluant les dépassements individuels de la durée du travail de référence décidés par le cadre lui-même pour l'exécution de ses fonctions. Les demandes de dépassement d'horaires par l'employeur ouvrent droit à des heures supplémentaires.

Le cadre autonome doit bénéficier d'un temps de repos d'au moins 11 heures pouvant être porté à 9 heures consécutives en cas de circonstances particulières justifiées pour répondre aux obligations de service de la profession en santé animale et en sécurité sanitaire. Il doit bénéficier d'un temps de repos hebdomadaire de 24 heures auquel s'ajoute le repos quotidien. Chaque repos quotidien limité à 9 heures ouvre droit à un repos de 2 heures pris en plus des 11 heures obligatoires dans les 2 mois qui suivent le repos dérogatoire.

Le cadre autonome doit s'engager formellement à respecter les repos quotidiens et hebdomadaires sous la responsabilité de son employeur. Il est tenu d'avertir son employeur lorsqu'il ne sera pas en mesure de respecter cette obligation afin que l'employeur puisse s'organiser et prendre les mesures appropriées pour garantir le respect du repos.