Les mutuelles procèdent au versement des prestations au vu des décomptes originaux des prestations en nature, ou le plus souvent grâce à la télétransmission établie avec les caisses primaires d'assurance maladie, ou encore sur pièces justificatives des dépenses réelles.

Les prestations garanties sont versées, soit directement aux assurés, soit aux professionnels de santé par tiers payant.