Le F.A.F.-T.T. tient sa comptabilité conformément au plan comptable.

Chaque année, le F.A.F.-T.T. établit le compte d'exploitation générale, le compte de pertes et profits et le bilan financier, arrêtés au 31 décembre.

Les documents financiers sont arrêtés par un expert comptable et certifiés par un commissaire aux comptes choisis par le conseil d'administration. Ils font l'objet d'un examen et d'une délibération du conseil d'administration préalablement à leur transmission aux autorités de tutelle.