Le centre socio-médico-judiciaire de sûreté, créé au sein de l'établissement public de santé national de Fresnes institué en application de l'article L. 6141-5 du code de la santé publique, est placé sous la responsabilité conjointe, chacun dans son domaine de compétence, du directeur de l'établissement public de santé national de Fresnes et du directeur d'hôpital mis à la disposition de cet établissement par le ministre chargé de la santé.
Le directeur de l'établissement public de santé national de Fresnes exerce les compétences attribuées au directeur des services pénitentiaires en matière d'organisation du centre et de protection des droits des personnes retenues. Il désigne parmi les personnels sur lesquels il a autorité ceux chargés de la surveillance des personnes retenues et des missions de greffe relevant du centre.
Le directeur d'hôpital exerce les compétences attribuées au directeur d'établissement public de santé en matière d'organisation du centre et de protection des droits des personnes retenues. A ce titre, il passe des conventions entre l'établissement public de santé national de Fresnes et un ou plusieurs établissements publics de santé afin qu'une prise en charge sanitaire et psychologique permanente soit assurée aux personnes retenues.

Les règles de fonctionnement du centre socio-médico-judiciaire de sûreté de Fresnes et les conditions dans lesquelles s'exercent les droits des personnes retenues prévus par les dispositions des articles R. 53-8-69 à R. 53-8-71 et R. 53-8-74 du code de procédure pénale, et R. 541-11 à R. 541-13, R. 541-15 et R. 541-16 du présent code sont précisées par son règlement intérieur, qui est fixé par arrêté conjoint du garde des sceaux, ministre de la justice, et du ministre chargé de la santé.