Sans préjudice du contrôle des autorités judiciaires, prévu par les dispositions des articles D. 131-2 à D. 131-5, et celui du conseil d'évaluation prévu par les dispositions des articles D. 136-2 à D. 136-6, les établissements pénitentiaires font l'objet du contrôle général de l'inspection générale de la justice et des inspections périodiques des magistrats ou des fonctionnaires de la direction générale de l'administration pénitentiaire et des directeurs régionaux ou de leurs adjoints ; en outre, ils sont soumis aux inspections du préfet ou du sous-préfet, ainsi que, dans le domaine de leur compétence, de toutes autres autorités administratives investies d'un pouvoir de contrôle à l'égard des différents services de l'administration
Les modalités selon lesquelles les directeurs régionaux et leurs adjoints effectuent leurs inspections et en dressent rapport sont définies par une instruction de service.

Les administrations ou corps intéressés par certaines parties du service des établissements pénitentiaires sont habilités à en vérifier l'organisation et le fonctionnement, dans la limite des attributions que leur confèrent les lois et règlements.

Les magistrats et les fonctionnaires ou autres personnes ayant autorité ou mission dans l'établissement pénitentiaire ont accès à la détention après justification de leur qualité ou présentation de leur ordre de mission et après s'être soumis aux mesures de contrôle réglementaires.
S'ils ont à s'entretenir avec les personnes détenues, ils peuvent le faire en dehors des jours et délais normaux de visite et en l'absence de tout membre du personnel ; l'entretien a lieu éventuellement dans les cellules lorsque cette façon de procéder ne présente pas d'inconvénient.

L'inspection générale de la justice exerce une mission permanente d'inspection, de contrôle, d'étude, de conseil et d'évaluation sur l'ensemble de l'administration pénitentiaire, en application des dispositions du décret n° 2016-1675 du 5 décembre 2016.

L'inspection générale des affaires sociales et les services des agences régionales de santé veillent à l'observation des mesures nécessaires au maintien de la santé des personnes détenues et de l'hygiène dans les établissements pénitentiaires.
Ces services contrôlent à l'intérieur des établissements pénitentiaires l'exécution des lois et règlements se rapportant à la santé publique et effectuent toutes vérifications utiles à leurs missions.

Les agents de contrôle de l'inspection du travail ont un droit d'entrée dans les établissements pénitentiaires afin d'y assurer la surveillance et les enquêtes dont ils sont chargés, conformément aux dispositions des articles L. 412-20-4 et suivants.