Les ressources de l'agence comprennent notamment :

1° La rémunération des services rendus ;

2° Le produit des redevances, notamment de celles qui sont applicables aux inventions et procédés nouveaux à la réalisation desquels l'établissement contribue ;

3° Les subventions de l'Etat, des collectivités locales, des établissements publics et de tous organismes publics ou privés, nationaux, communautaires ou internationaux ;

4° L'intérêt et le remboursement des prêts et avances éventuellement consentis par l'établissement ;

5° Le produit des participations ;

6° Les revenus des biens meubles et immeubles de l'établissement et le produit de leur aliénation ;

7° Le produit des publications ;

8° Le produit des dons et legs ;

9° Les produits financiers ;

10° Les produits des emprunts ;

11° Le produit des taxes qui lui est affecté dans les conditions prévues par les lois de finances.

L'agence se conforme, en matière de gestion financière et comptable, aux règles en usage dans les sociétés industrielles et commerciales.

A la fin de chaque année, le directeur général établit et présente à l'approbation du conseil d'administration le bilan et le compte de résultat de l'établissement.

L'agence est soumise au contrôle de deux commissaires aux comptes désignés par le président de la cour d'appel dans le ressort de laquelle se trouve le siège de l'établissement.

Les disponibilités de l'agence sont déposées au Trésor dans les conditions définies aux articles 46, 47 et 197 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

L'agence est soumise au contrôleur budgétaire de l'Etat prévu par les décrets n° 53-707 du 9 août 1953 relatif au contrôle de l'Etat sur les entreprises publiques nationales et certains organismes ayant un objet d'ordre économique et social et n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat. Le contrôle de la gestion financière de l'établissement est assuré par un contrôleur budgétaire.