L'institut est dirigé par un directeur et administré par un conseil d'administration, assisté d'un conseil scientifique et d'un conseil consultatif des enseignants.

Le conseil d'administration détermine la politique de l'établissement, notamment :

1° Il vote le budget, les décisions budgétaires modificatives et les comptes, à la majorité absolue de ses membres en exercice ;

2° Il approuve, dans les mêmes conditions, les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles ainsi que les dons et legs ;

3° Il approuve les contrats conclus par le directeur, et notamment les contrats pluriannuels conclus avec le ministère de l'enseignement supérieur. Il autorise le directeur à ester en justice ;

4° Il vote le règlement intérieur ;

5° Il approuve le rapport annuel d'activité préparé par le directeur ;

6° Il approuve les programmes d'activité de recherche et de formation de l'institut ;

7° Il approuve les projets de diplômes et autorise les demandes d'habilitations faisant l'objet des conventions prévues à l'article D. 1415-26 ;

8° Il peut créer toutes commissions dont il détermine la composition et définit les missions. Les modalités de fonctionnement de ces commissions sont fixées par le règlement intérieur.

Sous réserve des dispositions des articles D. 1415-34 et D. 1415-35, les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires dans un délai de quinze jours suivant la réception des procès-verbaux par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, à moins que celui-ci n'en ait autorisé l'exécution immédiate. Dans ce délai, le ministre peut s'opposer à l'exécution d'une délibération et demander au conseil de délibérer à nouveau. Il peut procéder à l'annulation d'une délibération qui lui paraîtrait entachée d'irrégularité dans un délai d'un mois à compter de la date à laquelle il a signalé son opposition. Si aucune décision n'intervient dans ce délai, l'opposition est levée de plein droit.

Les projets de budget et de décisions modificatives sont communiqués aux ministres chargés du budget, de l'enseignement supérieur et de la santé, quinze jours avant leur présentation au conseil d'administration.

Les délibérations à caractère budgétaire sont réputées approuvées si les ministres n'ont pas fait connaître leur refus de les approuver dans les quinze jours suivant la réception des procès-verbaux. En cas de refus, le conseil d'administration dispose d'un délai d'un mois pour délibérer à nouveau. A défaut de nouvelle délibération ou lorsque le budget n'est pas adopté en équilibre réel, il est arrêté par les ministres. Le budget doit être adopté au 1er mars et au plus tard dans le délai de deux mois à compter de la notification de la dotation allouée pour son fonctionnement. A défaut, il est arrêté par les ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé.

Les délibérations du conseil d'administration relatives à la prise de participations financières, à la création de filiales et aux emprunts sont soumises à l'approbation des ministres chargés du budget, de l'enseignement supérieur et de la santé.

Le conseil d'administration est composé :

1° De membres de droit, à savoir :

a) Le directeur général de l'Assistance publique-hôpitaux de Paris ou son représentant ;

b) Les présidents des universités et autres établissements publics de la région d'Ile-de-France cosignataires des conventions prévues à l'article D. 1415-26 ou leurs représentants ;

c) Le directeur des enseignements supérieurs au ministère de l'enseignement supérieur ou son représentant ;

d) Le directeur général de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale ou son représentant ;

e) Le directeur général de la santé au ministère de la santé ou son représentant ;

f) Le directeur de l'hospitalisation et de l'organisation des soins au ministère de la santé ou son représentant ;

2° De deux membres nommés par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé de la santé parmi les personnalités compétentes dans les domaines de la santé publique.

3° De 20 membres élus :

a) Cinq représentants des professeurs des universités ou personnels assimilés en application de l'arrêté prévu à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 relatif au Conseil national des universités ;

b) Cinq représentants des maîtres de conférences ou personnels assimilés en application de l'arrêté prévu à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 précité ;

c) Un représentant des ingénieurs affectés à l'institut ou y intervenant au titre de la formation ou de la recherche ;

d) Trois représentants des personnels administratifs, techniques, ouvriers et de service de l'institut ;

e) Six représentants des étudiants ;

4° De membres cooptés par les trois premières catégories énumérées ci-dessus en tant que représentant des grands services publics, des professions de santé, des collectivités territoriales et, éventuellement, en tant que personnalités choisies en raison de leur compétence propre en matière de santé publique.

Le nombre de ces membres cooptés est fixé de telle sorte que l'addition de ce nombre et de celui des membres de droit soit égal à dix-sept.

Le règlement intérieur de l'établissement prévoit les modalités de la cooptation.

Le directeur de l'institut, le secrétaire général et l'agent comptable assistent aux séances du conseil avec voix consultative.

Le conseil peut également inviter à assister à une séance avec voix consultative toute personne dont il juge la présence utile.

L'élection des membres du conseil d'administration se déroule au scrutin de liste à la représentation proportionnelle au plus fort reste, sans panachage mais avec possibilité de liste incomplète. Cependant, lorsque moins de trois sièges sont à pourvoir dans un collège, les représentants sont élus au scrutin majoritaire uninominal à deux tours. En cas d'égalité des voix au second tour, le siège est attribué au candidat le plus âgé.

Sont électeurs et éligibles :

1° Au titre des personnels d'enseignement et de recherche dans le collège correspondant à leur grade :

a) Des enseignants affectés à l'institut assurant un nombre minimal d'heures d'enseignement fixé par le règlement intérieur, entre le cinquième et la moitié des obligations statutaires de référence ;

b) Les autres personnels enseignants-chercheurs, enseignants, chargés d'enseignement et autres intervenants extérieurs assurant à l'institut au moins trente heures annuelles d'enseignement ;

c) Les chercheurs affectés à l'établissement ou mis à sa disposition et y assurant au moins un mi-temps ainsi que les enseignants-chercheurs y exerçant leur activité de recherche ;

2° Les étudiants régulièrement inscrits dans l'établissement ;

3° Les personnels administratifs techniques ouvriers de service assurant dans l'établissement un service correspondant au moins à un mi-temps.

Les membres du conseil d'administration énumérés aux 2°, 3° et 4° de l'article D. 1415-36 ont un mandat de quatre ans, à l'exception des représentants élus des étudiants, dont le mandat est de deux ans.

Le mandat des membres du conseil cesse de plein droit lorsque ceux-ci perdent la qualité au titre de laquelle ils ont été désignés.

En cas de vacance d'un siège, pour quelque cause que ce soit, les membres du conseil sont remplacés, pour la durée du mandat restant à courir et si la vacance intervient six mois au moins avant le terme normal du mandat, dans les mêmes conditions que celles prévues à l'article D. 1415-45.

Le président du conseil d'administration est élu par le conseil, au scrutin majoritaire uninominal à deux tours, parmi les professeurs des universités, les maîtres de conférences, les autres enseignants et les personnalités désignées en raison de leur compétence appartenant au conseil.

Le mandat du président du conseil d'administration a la même durée que celui des membres non étudiants du conseil énumérés aux 2°, 3° et 4° de l'article D. 1415-36.

Le président convoque le conseil, en établit l'ordre du jour et le préside.

La convocation du conseil est de droit à la demande du directeur général de la santé, du directeur chargé de l'enseignement supérieur, du directeur de l'institut ou du tiers des membres du conseil. L'inscription d'une question à l'ordre du jour est également de droit à la demande du directeur de l'institut.

Le conseil ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres sont présents ou représentés. A défaut, il est procédé à une nouvelle convocation du conseil, qui peut délibérer sans condition de quorum sur toutes les questions qui étaient à l'ordre du jour de la première convocation.

Un membre empêché de se rendre au conseil peut donner une procuration à l'un quelconque des autres membres du conseil.

Nul ne peut être porteur de plus de deux mandats.

Les délibérations du conseil sont acquises à la majorité absolue des suffrages exprimés dans tous les cas où il n'en est pas disposé autrement dans la présente section.

Le directeur assume la direction et la gestion de l'établissement. Il exerce les compétences qui ne sont pas attribuées à une autre autorité par la présente section, notamment :

1° Il représente l'établissement en justice et dans toutes ses relations juridiques ;

2° Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration auquel il rend compte de sa gestion ;

3° Il prépare et exécute le budget de l'établissement ;

4° Il est ordonnateur des dépenses et des recettes de l'établissement ;

5° Il a autorité sur l'ensemble des personnels administratifs, techniciens, ouvriers et de service de l'établissement, et nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu pouvoir de nomination ;

6° Il conclut, sous réserve de l'approbation du conseil d'administration, les contrats et conventions, notamment celles prévues à l'article D. 1415-26 et tous les autres accords, en particulier avec l'Ecole nationale de la santé publique et avec l'Institut national de la santé et de la recherche médicale ;

7° Il a compétence exclusive pour le maintien de l'ordre au sein de l'établissement ;

8° Il constitue les jurys d'examens et répartit les services d'enseignement ;

9° Il est chargé des opérations électorales.

Le directeur peut déléguer sa signature au secrétaire général et à des agents de l'institut dont la liste est fixée par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé.

Le directeur est assisté d'un secrétaire général nommé sur sa proposition par le ministre chargé de l'enseignement supérieur.

Le directeur est nommé par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé de la santé, sur proposition du conseil d'administration, parmi les enseignants-chercheurs ou personnels assimilés, les enseignants et les chercheurs ou parmi les ingénieurs de l'établissement ayant fait acte de candidature.

Il est nommé pour trois ans. Son mandat est renouvelable une fois.

Le conseil scientifique donne obligatoirement son avis sur les créations d'emplois, sur la politique de recherche de l'établissement, et notamment sur les contrats auxquels cette politique donne lieu ainsi que sur la structure des diplômes auxquels prépare l'établissement. Il propose la répartition des crédits de recherche au conseil d'administration qui ne peut modifier cette proposition que par une décision spécialement motivée.

Le conseil scientifique est composé :

1° De trois membres de droit :

a) Le directeur, président ;

b) Le directeur de la recherche au ministère de l'enseignement supérieur ou son représentant ;

c) Le directeur de la recherche au ministère de la recherche ou son représentant ;

2° Des membres élus :

a) Des représentants des professeurs des universités ou personnels assimilés en application de l'arrêté prévu à l'article 6 du décret n° 92-70 du 16 janvier 1992 relatif au Conseil national des universités ;

b) Des représentants de personnels titulaires d'une habilitation à diriger des recherches n'appartenant pas à la catégorie précédente ;

c) Des représentants des personnels pourvus d'un doctorat autre que d'université n'appartenant pas aux catégories précédentes ;

d) Des représentants des autres personnels d'enseignement et de recherche ;

e) Des représentants des étudiants de troisième cycle de l'institut ;

3° D'un représentant du conseil scientifique de chaque université signataire des conventions mentionnées à l'article D. 1415-26 ;

4° De membres cooptés par les trois premières catégories énumérées ci-dessus parmi les personnalités françaises ou étrangères ayant des travaux notoires dans le domaine de la santé publique.

Le règlement intérieur de l'établissement prévoit la répartition des différentes catégories et les modalités de cooptation. Toutefois :

- au sein du 2° ci-dessus, les professeurs ou assimilés doivent être en nombre au moins égal aux représentants des autres catégories ;

- les représentants des conseils scientifiques des universités sont élus selon une procédure déterminée par ces conseils.

Le directeur de l'institut, le secrétaire général et l'agent comptable assistent aux séances du conseil avec voix consultative.

Les articles D. 1415-37 à D. 1415-41 sont applicables au conseil scientifique.

Le conseil consultatif des enseignants donne son avis sur les projets de diplômes. Il peut être consulté ou formuler des voeux sur tout problème de pédagogie et de recherche.

Le conseil consultatif des enseignants est composé de tous les enseignants de l'établissement et de représentants des chercheurs et ingénieurs participant à l'enseignement. Ces représentants sont élus par les chercheurs et ingénieurs, en leur sein, selon les modalités fixées par le règlement intérieur. Le règlement intérieur fixe également le nombre des représentants des chercheurs et ingénieurs.