Les comptes de l'institution sont certifiés par deux commissaires aux comptes.

L'institution est soumise au contrôle économique et financier de l'Etat dans les conditions prévues par le décret n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat.

L'institution est soumise au contrôle de la Cour des comptes.

Les opérations de dépenses et de recettes des deux premières sections du budget de l'institution sont présentées en compte de tiers.

Les conventions relatives aux mandats confiés à l'institution définissent les dispositions assurant la neutralité des opérations pour le budget et la trésorerie de l'institution.

Une délibération du conseil d'administration précise les modalités de présentation du budget.

L'institution tient une comptabilité analytique dont les principes de présentation sont délibérés par le conseil d'administration.

Dans le cas où, avant le début de l'exercice, le budget n'a pas été voté par le conseil d'administration, les opérations de recettes et de dépenses sont effectuées sur la base du budget de l'exercice précédent.

Le règlement intérieur des marchés et des achats précise notamment les marchés pour lesquels les directeurs régionaux exercent le pouvoir adjudicateur.

L'institution mentionnée à l'article L. 5312-1 n'est pas soumise au chapitre II du titre II du livre Ier de la partie réglementaire du code du domaine de l'Etat et aux dispositions du décret n° 86-455 du 14 mars 1986 relatif à la suppression des commissions des opérations immobilières et de l'architecture et modalités de consultation du service des domaines.

Les projets de cession, d'apport ou de création de sûreté portant sur un ouvrage ou terrain répondant aux caractéristiques de l'article L. 5312-13 sont communiqués aux ministres chargés de l'emploi et du budget, accompagnés du projet de convention avec le cessionnaire, le destinataire de l'apport ou le bénéficiaire de la sûreté. Ces ministres disposent d'un délai de trois mois à compter de la réception du projet pour faire connaître leur décision motivée d'opposition ou, le cas échéant, les conditions particulières auxquelles ils subordonnent la réalisation de l'opération.