L'indemnité complémentaire prévue à l'article L. 1226-1 est calculée selon les modalités suivantes :
1° Pendant les trente premiers jours,90 % de la rémunération brute que le salarié aurait perçue s'il avait continué à travailler ;
2° Pendant les trente jours suivants, deux tiers de cette même rémunération.

Les durées d'indemnisation sont augmentées de dix jours par période entière de cinq ans d'ancienneté en plus de la durée d'une année requise à l'article L. 1226-1, sans que chacune d'elle puisse dépasser quatre-vingt-dix jours.

Lors de chaque arrêt de travail, les durées d'indemnisation courent à compter du premier jour d'absence si celle-ci est consécutive à un accident du travail ou à une maladie professionnelle, à l'exclusion des accidents de trajet.

Toutefois, dans tous les autres cas, le délai d'indemnisation court au-delà de sept jours d'absence.

Pour le calcul des indemnités dues au titre d'une période de paie, il est tenu compte des indemnités déjà perçues par l'intéressé durant les douze mois antérieurs, de telle sorte que si plusieurs absences pour maladie ou accident ont été indemnisées au cours de ces douze mois, la durée totale d'indemnisation ne dépasse pas celle applicable en application des articles D. 1226-1 et D. 1226-2.

Sont déduites de l'indemnité complémentaire les allocations que le salarié perçoit de la sécurité sociale et des régimes complémentaires de prévoyance, mais en ne retenant dans ce dernier cas que la part des prestations résultant des versements de l'employeur.

Lorsque les indemnités de la sécurité sociale sont réduites du fait, notamment, de l'hospitalisation ou d'une sanction par la caisse du non respect de son règlement intérieur, elles sont réputées servies intégralement pour le calcul de l'indemnité complémentaire.

La rémunération à prendre en considération pour le calcul de l'indemnité complémentaire est celle correspondant à l'horaire pratiqué pendant l'absence du salarié dans l'établissement ou partie d'établissement.
Toutefois, si l'horaire des salariés a été augmenté par suite de l'absence du salarié, cette augmentation n'est pas prise en considération pour la fixation de la rémunération.

L'ancienneté prise en compte pour la détermination du droit à l'indemnité complémentaire s'apprécie au premier jour de l'absence.

La durée d'arrêt de travail à partir de laquelle l'organisation d'un rendez-vous de liaison est possible est de trente jours.

La transformation d'un poste réalisée en application de l'article L. 1226-10 peut donner lieu à attribution de l'aide financière prévue à l'article L. 5213-10.

Le salarié communique à l'employeur, dès le début de l'arrêt de travail délivré en application de l'article L. 321-1 du code de la sécurité sociale ainsi qu'à l'occasion de tout changement, son lieu de repos s'il est différent de son domicile et, s'il bénéficie d'un arrêt de travail portant la mention “ sortie libre ” prévue à l'article R. 323-11-1 du même code, les horaires auxquels la contre-visite mentionnée à l'article L. 1226-1 peut s'effectuer.

La contre-visite est effectuée par un médecin mandaté par l'employeur. Ce médecin se prononce sur le caractère justifié de l'arrêt de travail, y compris sa durée.

La contre-visite s'effectue à tout moment de l'arrêt de travail et, au choix du médecin :

-soit au domicile du salarié ou au lieu communiqué par lui en application de l'article R. 1226-10, en s'y présentant, sans qu'aucun délai de prévenance ne soit exigé, en dehors des heures de sortie autorisées en application de l'article R. 323-11-1 du code de la sécurité sociale ou, s'il y a lieu, aux heures communiquées en application de l'article R. 1226-10 du présent code ;

-soit au cabinet du médecin, sur convocation de celui-ci par tout moyen conférant date certaine à la convocation. Si le salarié est dans l'impossibilité de se déplacer, notamment en raison de son état de santé, il en informe le médecin en en précisant les raisons.

Au terme de sa mission et sans préjudice des obligations qui lui incombent en application du II de l'article L. 315-1 du code de la sécurité sociale, le médecin informe l'employeur, soit du caractère justifié ou injustifié de l'arrêt de travail, soit de l'impossibilité de procéder au contrôle pour un motif imputable au salarié, tenant notamment à son refus de se présenter à la convocation ou à son absence lors de la visite à domicile.

L'employeur transmet sans délai cette information au salarié.