Les diplômes d'études spécialisées du troisième cycle spécialisé des études pharmaceutiques sont délivrés par les universités habilitées à cet effet par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé.
La liste des diplômes d'études spécialisées du troisième cycle spécialisé des études pharmaceutiques est fixée par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé.
Le diplôme d'études spécialisées de biologie médicale est régi par les articles D. 631-1 à D. 631-16.

Les étudiants, nommés internes à l'issue des épreuves du concours prévu à l'article D. 633-6, prennent annuellement une inscription administrative auprès de l'université liée par convention avec leur centre hospitalier universitaire de rattachement. Ils relèvent de l'université pour leur formation pédagogique, dont les modalités sont définies par l'unité de formation et de recherche de pharmacie et approuvées par le président d'université.

Les internes en pharmacie reçoivent, à temps plein, une formation théorique et pratique. Un arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé fixe, pour chaque diplôme d'études spécialisées, la durée des études, le programme des enseignements, la durée et la nature des fonctions pratiques qui sont exercées dans les services hospitaliers ou extrahospitaliers, ainsi que les règles de validation applicables.

La préparation de chaque diplôme d'études spécialisées est placée, dans chaque interrégion, sous la responsabilité d'un enseignant-chercheur chargé de coordonner l'organisation de l'enseignement théorique et des formations pratiques. Ce coordonnateur est désigné, pour une période de trois ans renouvelable une fois, par les directeurs d'unité de formation et de recherche de pharmacie de l'interrégion.

Au cours de leur formation, les internes en pharmacie peuvent bénéficier d'une année-recherche dont les modalités d'organisation sont fixées par arrêté des ministres chargés du budget, de l'enseignement supérieur et de la santé. Un arrêté de ces ministres fixe, chaque année, le nombre de postes offerts.
L'année-recherche est attribuée en tenant compte de la qualité du projet de recherche de l'interne.
Pendant l'année-recherche, les internes en pharmacie demeurent soumis au statut qui leur est applicable.
Les stages effectués au cours de l'année-recherche ne sont pas pris en compte dans les obligations de formation pratique prévues pour l'obtention du diplôme d'études spécialisées ou du diplôme d'études spécialisées complémentaires.

Les internes en pharmacie accomplissent leur formation pratique dans les lieux de stage agréés, selon des modalités prévues par le décret n° 2012-257 du 22 février 2012 relatif à la commission d'interrégion des études spécialisées pharmaceutiques et de biologie médicale, au sein des centres hospitaliers universitaires et des autres établissements de santé, organismes extrahospitaliers et laboratoires de recherche, liés par convention à ces centres.

Les stages, d'une durée d'un semestre, sont offerts tous les six mois au choix des internes en pharmacie. Les internes choisissent par ancienneté de fonctions validées pour un nombre entier de semestres. A ancienneté égale, le choix s'effectue selon le rang de classement au concours.
Le directeur général de l'agence régionale de santé dont relève l'interne procède aux affectations semestrielles dans les conditions fixées par arrêté des ministres chargés de la santé et de l'enseignement supérieur.
Sont exclus de cette répartition les laboratoires industriels et les laboratoires agréés au titre de l'année-recherche. La liste des postes effectivement accessibles aux internes pour un stage semestriel est déterminée en fonction du nombre prévisible d'internes appelés à choisir, déduction faite de ceux qui, effectuant un stage dans un laboratoire industriel ou une année-recherche, en ont prévenu les autorités compétentes au moins deux mois à l'avance.
Les internes en pharmacie peuvent, selon des modalités fixées par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé, effectuer, sous réserve de l'accord des autorités universitaires et hospitalières concernées, trois semestres de formation dans un lieu de stage agréé d'une autre interrégion ou à l'étranger. Le nombre de stages effectués à l'étranger ne peut être supérieur à deux.
Les stages dans les laboratoires industriels sont offerts au choix des internes de toutes les interrégions. Ceux-ci doivent obtenir l'accord écrit du responsable du stage préalablement aux opérations de choix. Ils peuvent, à leur demande, effectuer deux semestres consécutifs dans le même laboratoire industriel.
Nul ne peut poursuivre le troisième cycle spécialisé des études pharmaceutiques dès lors qu'il n'a pas validé ses semestres de formation dans un délai correspondant à deux fois la durée réglementaire prévue par la maquette du diplôme d'études spécialisées postulé. Toutefois, une dérogation exceptionnelle, en raison de la situation particulière de l'interne, peut être accordée par le président de l'université après avis du directeur de l'unité de formation et de recherche.

L'interne en pharmacie en état de grossesse médicalement constatée, qui prend part à la procédure de choix du stage, peut demander à effectuer celui-ci en surnombre. Dans ce cas, la validation du stage est soumise aux dispositions de l'article R. 6153-20 du code de la santé publique.

A titre alternatif, l'interne peut, par dérogation aux dispositions de l'alinéa précédent, opter pour un stage en surnombre choisi indépendamment de son rang de classement. Ce stage ne peut pas être validé, quelle que soit sa durée.

Les internes ayant interrompu leur formation et qui la reprennent plus de deux mois après un choix semestriel des postes participent au choix qui suit leur reprise de fonctions et sont affectés, en attendant, en surnombre, sur un poste agréé de leur interrégion.