Les décisions de création ou de suppression de départements scientifiques au sein de l'Agence nationale de la recherche, ainsi que celles relatives à leur dénomination et leur périmètre, sont prises par le président après avis du comité de pilotage scientifique mentionné à l'article R. 329-16.
Les responsables des départements sont nommés par le président de l'agence, après avis du comité de pilotage scientifique, pour un mandat de quatre ans renouvelable.

Le comité de pilotage scientifique est l'instance de réflexion de l'agence pour l'élaboration et la mise en œuvre de son plan d'action annuel.
Il assiste le président de l'agence qui le consulte sur :
1° La préparation du plan d'action annuel ;
2° La mise en œuvre des travaux d'évaluation de l'offre de recherche et de mesure de l'impact, sur la production scientifique nationale, des financements alloués par l'agence ;
3° Le rapport d'exécution du plan d'action;
4° La création ou la suppression des départements scientifiques, leur dénomination et leur périmètre ;
5° La nomination des responsables des départements scientifiques et le renouvellement de leurs fonctions.
Le comité peut en outre être consulté par le conseil d'administration ou le président de l'agence sur toute question relevant de la compétence de l'établissement.

Le comité de pilotage scientifique de l'Agence nationale de la recherche comprend :
1° Les responsables des départements scientifiques de l'agence ;
2° Des personnalités extérieures à l'établissement, notamment étrangères, choisies en raison de leur compétence scientifique et technique dans les domaines d'activité de l'agence ;
3° Des personnalités du monde socio-économique.
Le président du comité de pilotage scientifique est choisi parmi les personnalités mentionnées aux 2° et 3°. Les responsables des départements scientifiques prennent part aux délibérations du comité à l'exception de celles portant sur les 4° et 5° de l'article R. 329-16.
Le comité de pilotage scientifique se réunit au moins trois fois par an sur convocation du président de l'agence ou à la demande écrite et motivée des deux tiers de ses membres.
La composition du comité de pilotage scientifique, les modalités de désignation et la durée du mandat de son président et des membres mentionnés aux 2° et 3° du présent article, et les règles de son fonctionnement sont fixées par arrêté du ministre chargé de la recherche.