L'école est administrée par un conseil d'administration et dirigée par un directeur.
Le conseil de la recherche et le conseil de la formation et de la vie universitaire participent à l'administration de l'école.
Pour l'exercice de leurs missions, le conseil d'administration et le conseil de la recherche prennent en compte les orientations, les avis et recommandations de la Fondation de coopération scientifique Jean-Jacques Laffont, Toulouse sciences économiques, relatifs aux activités de formation et de recherche dans les domaines des sciences économiques et des sciences humaines et sociales.
L'école est composée de départements d'enseignement et de recherche, d'instituts, d'unités de recherche, de services communs et de structures opérationnelles, dont la liste est fixée par le règlement intérieur.

Le directeur de l'école est nommé par le conseil d'administration pour un mandat d'une durée de quatre ans, renouvelable deux fois, après appel public à candidatures publié au Journal officiel de la République française et sur rapport d'une commission composée de trois membres élus en son sein par le conseil d'administration. Le président de la Fondation de coopération scientifique Jean-Jacques Laffont, Toulouse sciences économiques, rend un avis sur chaque candidature à l'attention du conseil d'administration. Le règlement intérieur précise les modalités de cette désignation.
Les fonctions de directeur sont incompatibles avec l'exercice, au sein de l'établissement, de toute fonction élective et de toute fonction de responsable d'une structure interne.
La limite d'âge du directeur est fixée à 70 ans. Il ne peut être mis fin à ses fonctions que sur proposition du conseil d'administration de l'école ou, s'il n'est pas à l'origine de la proposition, après avis conforme de ce conseil.

Le directeur exerce les attributions confiées au président d'université par l'article L. 712-2 du code de l'éducation et les textes pris pour son application, à l'exception de la présidence du conseil d'administration et de la présidence de son bureau. Pour l'application des dispositions du 10° du même article, le directeur installe, sur proposition du conseil d'administration, une mission « égalité entre les hommes et les femmes ».
Il assiste aux séances du conseil d'administration, du bureau du conseil d'administration mentionné à l'article 7 et du conseil de la formation et de la vie universitaire. Il est membre de droit du conseil de la recherche. Il peut assister aux réunions des structures internes de l'école mentionnées à l'article 3.
Il peut déléguer sa signature à des agents placés sous son autorité. Il peut déléguer une partie de ses pouvoirs aux agents placés sous son autorité désignés pour exercer des fonctions de responsabilité administrative, scientifique ou pédagogique au sein de l'établissement ou d'une structure interne. Ces agents peuvent déléguer leur signature à des agents placés sous leur autorité.
Chaque année, il présente au conseil d'administration de l'Université Toulouse Capitole un rapport d'activité détaillant notamment l'offre de formation et les activités de recherche de l'école ainsi que son budget sous une forme synthétique.

Le conseil d'administration comprend dix-neuf membres. Il est composé de :
1° Sept représentants élus :
a) Deux représentants des professeurs des universités et personnels assimilés au sens de l'article D. 719-4 du code de l'éducation qui assurent un enseignement ou mènent des activités de recherche à l'école ;
b) Deux représentants des autres personnels d'enseignement et de recherche qui assurent un enseignement ou mènent des activités de recherche à l'école ;
c) Deux représentants des étudiants, dont un doctorant ;
d) Un représentant des autres personnels de l'école ;
2° Quatre membres de droit :
a) Le président du conseil régional d'Occitanie, ou son représentant ;
b) Le président de l'Université Toulouse Capitole, ou son représentant ;
c) Le président de la Fondation Jean-Jacques Laffont, Toulouse sciences économiques, ou son représentant ;
d) Le président de l'association des diplômés de l'école ;
3° Huit personnalités qualifiées, extérieures à l'école, désignées dans les conditions prévues par les articles D. 719-47-1 à D. 719-47-4 du code de l'éducation :
a) Quatre personnalités désignées par la Fondation Jean-Jacques Laffont, Toulouse sciences économiques choisies pour leur compétence dans les domaines correspondant aux missions de l'école définies à l'article 2 ;
b) Quatre personnalités désignées, après avis du directeur de l'école, par les autres membres du conseil d'administration. Parmi elles, deux sont des chercheurs ou des enseignants-chercheurs reconnus, français ou étrangers et deux sont des personnalités représentant le monde économique et social ou les affaires publiques.

Le conseil d'administration élit, au sein des personnalités qualifiées extérieures mentionnées au 3° de l'article 6, un président, dont le mandat est de quatre ans, renouvelable deux fois.
Il élit également un vice-président parmi les membres mentionnés au a et au b du 1° de cet article et un vice-président parmi les membres mentionnés au 3° du même article, pour un mandat de quatre ans renouvelable deux fois.
Le président, les deux vice-présidents et le président de la Fondation Jean-Jacques Laffont, Toulouse sciences économiques ou son représentant constituent le bureau.
En cas de partage égal des voix, celle du président de séance est prépondérante.
La limite d'âge du président est fixée à 70 ans.

Le conseil d'administration exerce les attributions confiées au conseil d'administration des universités par le IV de l'article L. 712-3 du code de l'éducation. Pour l'application des dispositions du 8° de ce IV, il délibère sur toutes les questions que lui soumet le directeur. Pour l'application des dispositions du 9° du même IV, il adopte le schéma directeur pluriannuel en matière de politique du handicap proposé par le directeur. Chaque année, le directeur lui présente un rapport d'exécution de ce schéma, assorti d'indicateurs de résultats et de suivi.
Le conseil d'administration délibère également sur les règles relatives aux examens et sur les modalités de désignation des représentants des personnels et des usagers de l'école qui siègent dans les conseils centraux de l'Université Toulouse Capitole.
En outre, il délibère sur la création ou la suppression des départements d'enseignement et de recherche, des instituts, des unités de recherche, des services communs et des structures opérationnelles et adopte le règlement intérieur de l'école, dans les conditions définies au premier alinéa de l'article L. 711-7 du code de l'éducation.
Dans le cadre de ses compétences, il peut créer des commissions dont les modalités de désignation et de fonctionnement sont précisées par le règlement intérieur.
Il peut déléguer certaines de ses compétences au directeur dans les conditions fixées aux treizième et avant-dernier alinéas du IV de l'article L. 712-3 du code de l'éducation.
Pour la mise en œuvre de projets particuliers dans les domaines notamment de la formation, de la recherche ou de la vie étudiante, il peut transférer ou déléguer certaines compétences à l'Université Toulouse Capitole.

Le conseil d'administration peut constituer en son sein une commission permanente, dont il fixe la composition. Dans les conditions et limites qu'il détermine, il peut déléguer à cette commission le pouvoir de délibérer, entre ses séances, sur l'acceptation des dons et legs et les acquisitions et cessions immobilières.
La commission permanente est présidée par le président du conseil d'administration ou, en son absence, par l'un des vice-présidents. Outre son président, elle comprend sept membres dont un des membres de droit, un représentant des professeurs des universités, un représentant des autres personnels d'enseignement et de recherche, le représentant des autres personnels de l'école, un représentant des étudiants et deux personnalités qualifiées et désignées dans les conditions prévues au règlement intérieur.
Le conseil d'administration renouvelle les membres de cette commission chaque année.
La commission est réunie par son président. Elle rend compte au conseil d'administration de ses délibérations à la plus prochaine séance de ce dernier.

I. - Le conseil de la recherche et le conseil de la formation et de la vie universitaire comprennent chacun au plus douze membres.
Ils sont composés majoritairement des représentants élus des personnels et des étudiants. Au moins trois doivent être des représentants élus des professeurs d'université et personnels assimilés au sens de l'article D. 719-4 du code de l'éducation et au moins deux des représentants élus des autres personnels d'enseignement et de recherche. Les usagers sont représentés au conseil de la recherche par des étudiants en formation doctorale.
Le conseil de la recherche comprend en outre un représentant de la Fondation Jean-Jacques Laffont, Toulouse sciences économiques, ainsi que l'un des responsables d'une structure interne de l'école et des personnalités qualifiées extérieures à l'école désignés, sur proposition du directeur, par le conseil d'administration, en raison de leur compétence dans les domaines correspondant aux missions de l'école figurant à l'article 2.
Le directeur du centre régional des œuvres universitaires et scolaires ou son représentant assiste aux séances du conseil de la formation et de la vie universitaire.
II. - Le conseil de la recherche est présidé par le représentant de la Fondation Jean-Jacques Laffont, Toulouse sciences économiques. Il élit un vice-président parmi les représentants des professeurs d'université et personnels assimilés pour une durée de quatre ans, renouvelable une fois, dans les conditions définies par le règlement intérieur.
Le conseil de la formation et de la vie universitaire élit un président parmi les personnels d'enseignement et de recherche pour une durée de quatre ans, renouvelable une fois, dans les conditions définies par le règlement intérieur. Il élit également un vice-président étudiant, pour une durée de deux ans, renouvelable une fois.
En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

Le conseil de la recherche est consulté sur :
1° Toute question concernant la politique scientifique de l'établissement, en matière de recherche et de formations doctorales, de procédures d'évaluation scientifique et de liaison entre l'enseignement et la recherche ;
2° Les demandes d'accréditation à délivrer des diplômes nationaux et les projets de création ou de modification de diplômes propres ;
3° La politique de l'établissement en matière de recrutement des enseignants et des chercheurs et de principes communs régissant leurs carrières.

Le conseil de la formation et de la vie universitaire est consulté sur :
1° Les questions concernant les orientations pédagogiques, les conditions d'évaluation, les demandes d'accréditation à délivrer des diplômes nationaux et les projets de création ou de modification de diplômes propres ;
2° L'action sociale en faveur des usagers, la politique de santé, la gestion du handicap et sur les mesures de nature à améliorer les conditions de travail des usagers, notamment sur les mesures relatives aux activités de soutien et aux œuvres universitaires et scolaires.
Il anime et coordonne la vie étudiante au sein de l'école. Il détermine les modalités d'exercice par les usagers des libertés politiques et syndicales et des activités culturelles, sportives, sociales ou associatives offertes aux usagers.

L'école peut, avec d'autres établissements publics d'enseignement supérieur ou de recherche, créer un ou plusieurs services inter-établissements. Les établissements intéressés concluent une convention prévoyant l'organisation et les modalités de gestion de ce service. Cette convention mentionne les missions dévolues au service, l'établissement auquel il est rattaché ainsi que les droits et obligations des établissements contractants. Elle précise en outre les conditions de nomination du directeur de ce service, la durée de son mandat ainsi que, le cas échéant, la composition, les attributions et les modalités de fonctionnement de l'instance consultative qui assiste le directeur.

Le règlement intérieur précise les missions des départements d'enseignement et de recherche, des instituts, des unités de recherche, des services communs et des structures opérationnelles ainsi que leurs règles d'organisation et de fonctionnement.