L'école est administrée par un conseil d'administration et dirigée par un directeur.
Le conseil de la recherche et le conseil de la formation et de la vie universitaire participent à l'administration de l'école.
Pour l'exercice de leurs missions, le conseil d'administration et le conseil de la recherche prennent en compte les orientations, les avis et recommandations de la Fondation de coopération scientifique Jean-Jacques Laffont, Toulouse sciences économiques, relatifs aux activités de formation et de recherche dans les domaines des sciences économiques et des sciences humaines et sociales.
L'école est composée de départements d'enseignement et de recherche, d'instituts, d'unités de recherche, de services communs et de structures opérationnelles, dont la liste est fixée par le règlement intérieur.