Le Haut Comité peut être consulté sur toute question d'importance relative aux grands enjeux stratégiques du système de transport ferroviaire national. Il veille à promouvoir la concertation de l'ensemble des parties prenantes du système de transport ferroviaire, notamment dans les domaines du développement coordonné des différents modes de transport dans une logique intermodale ainsi que de la mise en accessibilité aux personnes handicapées ou à mobilité réduite du matériel roulant, des quais et des gares.
Il a pour mission d'éclairer le Gouvernement et le Parlement sur la situation du système ferroviaire national et ses évolutions envisagées ou prévisibles. Dans ses avis, il prend en compte tous les aspects juridiques, financiers, économiques, sociaux, environnementaux afin de proposer ou d'évaluer les grandes orientations de la stratégie nationale dans le domaine ferroviaire.

Les commissions spécialisées mentionnées au cinquième alinéa de l'article L. 2100-3 du code des transports préparent les délibérations du Haut Comité. Leurs modalités de création ainsi que leurs règles de composition et de fonctionnement sont définies par le règlement intérieur prévu à l'article 17.

Le Haut Comité est saisi par le Gouvernement du rapport stratégique d'orientation prévu à l'article L. 2100-3 du code des transports. Le Haut Comité émet un avis motivé dans un délai de trois mois à compter de sa saisine.

Le Haut Comité est destinataire des rapports annuels d'activité de SNCF Voyageurs et SNCF Réseau, présentant la mise en œuvre des contrats mentionnés respectivement aux articles L. 2141-3 et L. 2111-10 du code des transports.

Le Haut Comité émet un avis sur le rapport de SNCF Réseau dans un délai de trois mois à compter de l'avis de l'Autorité de régulation des transports mentionné au troisième alinéa de l'article L. 2111-10 du code des transports. Son avis est motivé et assorti, le cas échéant, de recommandations d'actions et de propositions d'évolution du contrat entre SNCF Réseau et l'Etat accompagnées d'une évaluation de leur impact. Cet avis est rendu public et communiqué au Gouvernement ainsi qu'aux présidents de l'Assemblée nationale et du Sénat.

Le Haut Comité peut procéder à toute audition qu'il estime nécessaire au bon accomplissement de ses missions.

Les avis, délibérations, observations et recommandations du Haut Comité sont rendus publics sous réserve des secrets protégés par la loi.

Le Haut Comité établit un rapport annuel adopté en séance plénière. Il comporte une liste des avis rendus, des recommandations et des réponses aux saisines ainsi qu'un bilan qualitatif des activités de concertation et d'information qui ont été réalisées au cours de l'année.