Le Haut Comité peut être consulté sur toute question d'importance relative aux grands enjeux stratégiques du système de transport ferroviaire national. Il veille à promouvoir la concertation de l'ensemble des parties prenantes du système de transport ferroviaire, notamment dans les domaines du développement coordonné des différents modes de transport dans une logique intermodale ainsi que de la mise en accessibilité aux personnes handicapées ou à mobilité réduite du matériel roulant, des quais et des gares.
Il a pour mission d'éclairer le Gouvernement et le Parlement sur la situation du système ferroviaire national et ses évolutions envisagées ou prévisibles. Dans ses avis, il prend en compte tous les aspects juridiques, financiers, économiques, sociaux, environnementaux afin de proposer ou d'évaluer les grandes orientations de la stratégie nationale dans le domaine ferroviaire.