Les effluents, poussières ou aérosols sont, dans toute la mesure du possible, collectés au plus près de la source, canalisés et, si besoin, traités. Les conditions de collecte, de traitement et de rejet des effluents sont telles qu'elles n'entraînent pas de risque d'inflammation ou d'explosion, ni la production, du fait du mélange des effluents, de substances polluantes dont il n'est pas fait mention dans l'étude d'impact de l'installation.

Lorsque le ruissellement des eaux pluviales sur des toitures, aires de stockage, voies de circulation, aires de stationnement et autres surfaces imperméabilisées est susceptible de provoquer une pollution par lessivage de ces surfaces ou lorsque le milieu récepteur est particulièrement sensible, un réseau de collecte des eaux pluviales est aménagé et raccordé à un ou plusieurs bassins de confinement capables de recueillir le premier flot des eaux pluviales.

Les effluents radioactifs sont collectés séparément suivant leur nature et leur activité. Ils font l'objet d'un contrôle en vue de les caractériser.
Les effluents radioactifs liquides sont entreposés séparément, suivant leur nature et leur niveau d'activité.
Les effluents radioactifs gazeux autres que ceux collectés par la ventilation font l'objet d'un entreposage permettant de les caractériser.
En vue de limiter l'impact radiologique des effluents radioactifs rejetés, l'exploitant prend en compte, dans la gestion de ces effluents, la possibilité de réduire l'activité des effluents radioactifs par décroissance radioactive avant leur rejet dans le milieu récepteur.