Les emplois civils permanents du service administratif du Contrôleur général sont occupés par des collaborateurs, agents publics civils ou militaires en position d'activité ou détachés auprès de lui ou mis à sa disposition dans les conditions prévues par les dispositions qui les régissent. Les agents non titulaires de droit public sont recrutés par contrat et soumis aux dispositions du décret du 17 janvier 1986 susvisé, à l'exception de son article 1er-2.
Nul ne peut être nommé en qualité de collaborateur du Contrôleur général des lieux de privation de liberté s'il a fait l'objet d'une condamnation, incapacité ou déchéance mentionnée au bulletin n° 2 du casier judiciaire.
Les collaborateurs mentionnés au premier alinéa sont soumis, dans l'exercice de leur mission auprès du Contrôleur général, à sa seule autorité.

Le Contrôleur général des lieux de privation de liberté signe tous actes relatifs à l'exercice de sa mission.
Il peut donner délégation aux contrôleurs et à ses collaborateurs, dans les limites de leurs attributions, aux fins de signer toutes conventions conclues avec toute personne publique ou privée, française ou étrangère, concourant à l'exercice de ses missions, tous autres conventions et marchés ainsi que tous actes ayant pour objet la gestion et la rémunération des personnes qu'il emploie.

Le règlement du service fixe l'organisation administrative et les modalités de fonctionnement et d'intervention des services du Contrôleur général des lieux de privation de liberté.
Il détermine, d'une part, les dispositions applicables à l'ensemble du personnel des services, notamment, celles relatives à l'organisation du travail, à l'hygiène et à la sécurité du travail et d'autre part, les règles de gestion des collaborateurs.

Les ressources du Contrôleur général des lieux de privation de liberté proviennent notamment, outre des crédits de l'Etat mentionnés à l'article 13 de la loi du 30 octobre 2007, des subventions d'autres collectivités publiques et d'organismes internationaux.

Le Contrôleur général est ordonnateur de ses dépenses et recettes.
Le comptable assignataire des dépenses et recettes est le contrôleur budgétaire et comptable ministériel des services du Premier ministre.