La société coopérative européenne peut être dirigée par un directoire, agissant sous le contrôle d'un conseil de surveillance.

Le directoire est investi des pouvoirs les plus étendus pour agir en toute circonstance au nom de la société. Il les exerce dans la limite de l'objet social et sous réserve de ceux expressément attribués par la loi au conseil de surveillance et aux assemblées générales. Les statuts peuvent prévoir que son président ou le directeur général unique ou tout autre membre désigné à cet effet par le conseil de surveillance et portant le titre de directeur général représente seul la société à l'égard des tiers.

Dans les rapports avec les tiers, la société est engagée même par les actes du directoire qui ne relèvent pas de l'objet social, à moins qu'elle ne prouve que les tiers savaient que l'acte dépassait cet objet ou qu'ils ne pouvaient l'ignorer compte tenu des circonstances, étant exclu que la seule publication des statuts suffise à constituer cette preuve.

Les dispositions des statuts limitant les pouvoirs du directoire sont inopposables aux tiers.

Dans les sociétés coopératives européennes dont le capital est inférieur à 150 000 euros, les fonctions dévolues au directoire peuvent être exercées par une seule personne. Dans ce cas, elle prend le titre de directeur général unique.

En cas de vacance au sein du directoire, un membre du conseil de surveillance peut être nommé par ce conseil pour exercer les fonctions de membre du directoire pour une durée maximale fixée par décret en Conseil d'Etat. Pendant cette durée, les fonctions de l'intéressé au sein du conseil de surveillance sont suspendues.

Le conseil de surveillance est composé de trois membres au moins. Les statuts fixent le nombre maximum des membres du conseil, qui ne peut être supérieur à dix-huit.

Sauf lorsqu'une disposition applicable à la coopérative de même catégorie que la société coopérative européenne l'interdit, une personne morale peut être nommée au conseil de surveillance. Lors de sa nomination, la personne morale est tenue de désigner un représentant permanent qui est soumis aux mêmes conditions et obligations et qui encourt les mêmes responsabilités civile et pénale que s'il était membre du conseil en son nom propre, sans préjudice de la responsabilité solidaire de la personne morale qu'il représente. Lorsque la personne morale révoque son représentant, elle est tenue de pourvoir en même temps à son remplacement.

Chaque membre du conseil de surveillance peut se faire communiquer par le président du directoire les documents nécessaires à l'accomplissement de sa mission.